López, junto a Nilda Eloy y la Asociación de Ex Detenidos Desaparecidos, se constituyó como querellante y fue uno de los testigos clave en el juicio contra Etchecolatz. Esta causa, por delitos de lesa humanidad, fue la primera en el país en alcanzar la instancia de juicio oral.
El juicio comenzó el 20 de junio de 2006 en el Salón Dorado de la Municipalidad de La Plata. Una semana después, el 28 de junio, brindó su testimonio, narrando lo ocurrido con sus compañeras de la Unidad Básica:
“¿Saben qué hacía Patricia Dell´Orto y otras chicas, como Mirta Manchiola…? Se dedicaban a cuidar chicos, a darles de comer (..) ellas llevaron a los chicos del barrio a Mar del Plata, los hicieron conocer lo que era un mar, lo que era bañarse en un mar, a todos los chicos medio desamparados. Estas 4 o 5 mujeres, mujeres de oro. Y estos asesinos las mataron sin piedad».
Declaración de Jorge Julio López durante el juicio en 2006, TOF1, ciudad de La Plata.
El 19 de septiembre, un día después de la desaparición forzada de Jorge Julio López, el Tribunal Oral Federal N° 1 de La Plata condenó a reclusión perpetua a Miguel Etchecolatz. La sentencia lo responsabilizó por el asesinato de Diana Teruggi en un operativo en 1976, así como por el secuestro, privación ilegítima de la libertad, tortura y asesinato de Patricia Dell’Orto, Ambrosio De Marco, Nora Formiga, Elena Arce y Margarita Delgado. Además, fue condenado por el secuestro y tortura de Jorge Julio López y Nilda Eloy, quienes lograron sobrevivir.
La primera desaparición de Jorge Julio López ocurrió el 27 de octubre de 1976, cuando fue secuestrado por un grupo de tareas bajo las órdenes de Miguel Etchecolatz. Durante su cautiverio, fue trasladado a cuatro centros clandestinos de detención, donde fue sometido a torturas y fue testigo de múltiples asesinatos. Estuvo en el Cuatrerismo de Arana, el Pozo de Arana, las comisarías 5.ª y 8.ª de La Plata y, finalmente, en la Unidad 9 del Servicio Penitenciario Provincial, bajo disposición del Poder Ejecutivo Nacional (PEN). Fue liberado el 25 de junio de 1979.
El juicio contra Miguel Etchecolatz tiene un valor histórico para el país, ya que fue la antesala de la reapertura de los juicios por crímenes de lesa humanidad en Argentina. Este proceso fue fundamental no sólo para condenar a uno de los principales responsables de la represión durante la última dictadura cívico-militar, sino también para consolidar las políticas de Memoria, Verdad y Justicia.